방광암에서 암 분화도에 따른 p53 발현의 임상적 특성

방광암에서 암 분화도에 따른 p53 발현의 임상적 특성

2020 01 20

1.대상논문

1)제목: 방광암에서 p52, Retinoblastoma(Rb), PTEN 발현의 임상적 의의

2)저자: 서호경 외 5인

3)게재지: 국립암센터 기관고유연구사업(01100150)

1. 활용데이터

1)건수: 방광암 레지스트리 전체 데이터 중 분화도, p53, Rb, PTEN의 음양성 여부가 밝혀진 데이터 70건

2)테이블: 방광암 대상자(BLAD_PT_TRGT) 등

본 논문은 방광암의 종양억제유전자인 P53, Rb, PTEN, 세 지표에 대한 방광암 환자와의 상관관계 및 임상적 의의를 도출하고자 연구한 논문이다.

본 시각화에서는 데이터 표본의 부재(표본 데이터 중 Rb, PTEN의 표본이 98%이상 positive) 등의 이유로, 논문에서 언급한 분화도의 현황과 분화도에 따른 P53의 비율 등을 시각화하여 나타내었다. `

방광암 환자 조직의 분화도 비

논문은 방광암 환자 총 72례를 대상으로 표본 분석을 시행하였다. 그 중, 조직의 분화도로 나눴을때, Grade 1,2,3이 각각 12, 24, 35로 나타났다고 기록했다.(논문 p.37)

본 시각화에서는 분화도가 밝혀진 데이터 40 건을 대상으로, 분화도에 따른 환자수 시각화를 시행했다.

blad3.1 <- table(blad3.1$WHO_GRADE)

waffle(blad3.1, rows = 5, colors=c("#FFCCCC","#FF9999","#FF0000"), size=0.6, title="방광암 환자 조직의 분화도 비 ", legend_pos = "bottom", xlab="1square=1person") + theme(plot.title = element_text(family = "serif",size=15, face="bold", hjust = 0.5))

시각화 결과, Grade 1,2,3에 따른 각 환자수는 7, 13, 20으로 나타났다. 이는 논문의 표본 수 대비와 유사한 비율을 나타냈다고 할 수 있다. 특히 Grade3이 표본 중 약 50%를 나타내는 점은 거의 흡사하게 나타났다.

방광암 환자의 분화도에 따른 P53 발현 이상 비

논문은 분화도에 따른 P53의 발현이상에 대해서도 기록했다. 논문에서의 발현 이상은 Grade3 35명 중 P53의 발현이상은 25례(83.3%)로 나타났다. 이에 착안하여, 레지스트리 데이터 대상으로 분화도 기반 P53의 발현이상 비를 시각화하였다.

blad3.2$WHO_GRADE <- as.character(blad3.2$WHO_GRADE)

blad_graph1 <-

ggplot(blad3.2, aes(x=WHO_GRADE, y=..count.., fill=P53_CMNT)) + geom_bar(position="dodge", stat="count", width = 0.5, size=1) + scale_color_brewer(palette="Reds") + geom_text(mapping=aes(label=paste0(round(..count../sum(..count..)*100),"%")),stat ="count",face="bold", position=position_dodge(width=0.5),size=6,color="black", face="bold", family="serif", vjust=1) + ggtitle("방광암 환자의 분화도에 따른 P53 발현 이상 비")+ theme(plot.title = element_text(family="serif", size=15, face="bold", hjust = 0.5), legend.position="bottom",legend.text = element_text(size=8)) + labs(x="분화도", y="환자수", fill="P53 발현이상 유무") + theme_economist()

blad_graph1 + theme(legend.position = "bottom", plot.title = element_text(family = "serif",size=15, face="bold", hjust = 0.5))

시각화 결과, Grade3 의 P53의 발현이상 여부비는 약 1:4.6으로, 논문에서의 비율과 거의 유사하게 나타났다. Grade1의 경우에는 발현 이상이 나타난 환자가 단 한명도 없다는 점이 특이하다고 할 수 있겠다.